Nach Kariesentfernung und Defektversorgung wird durch die Zahnkrone eine Zugangskavität zu den Wurzelkanälen angelegt. Mit sehr feinen und flexiblen Instrumenten sowie speziellen Spüllösungen wird das Wurzelkanalsystem Schritt für Schritt gereinigt und aufbereitet. Reinigung und Aufbereitung der Wurzelkanäle werden mit Hilfe einer Lupenbrille durchgeführt, um alle Kanäle sicher darstellen zu können. Für die Reinigung hat sich das so genannte chemo-mechanische Vorgehen bewährt. Zum einen wird das Kanalsystem wiederholt durch spezielle Spüllösungen desinfiziert und gereinigt, zum anderen werden die einzelnen Kanäle mit feinen Instrumenten kontinuierlich aufbereitet und erweitert. Der Einsatz von maschinell betriebenen flexiblen Nickel-Titan-Feilen ist aufgrund der starken Krümmung einiger Kanäle häufig erforderlich. Nach Reinigung und Aufbereitung des Kanalsystems kann eine medikamentöse Einlage sinnvoll sein. Diese soll die Kanäle bis zum nächsten Termin verschließen und so eine Neuinfektion verhindern. Des Weiteren eliminiert das Medikament eventuell verbliebene Restbakterien und wirkt entzündungslindernd.
Das Wurzelkanalsystem wird nun in seiner ganzen Komplexität dicht gefüllt. Das Ergebnis wird durch eine Röntgenaufnahme überprüft. Je nach Vorschädigungsgrad der Zahnkrone sollte der Zahn im Anschluss an die Wurzelbehandlung mit einer Krone oder Teilkrone versorgt werden. Eventuell reicht aber auch schon der Verschluss mit einem plastischen Füllungsmaterial.
Aufgrund des häufig vorhandenen ausgeprägten Verlustes an Zahnhartsubstanz sind wurzelbehandelte Zähne frakturgefährdeter als kariesfreie Zähne. Aus diesem Grund müssen solche Zähne im Rahmen einer restaurativen Behandlung wieder aufgebaut und mit einer Krone oder Teilkrone geschützt werden, so dass Stabilität, Funktion und Ästhetik wiederhergestellt werden können. Bei nur geringem Verlust an Zahnhartsubstanz können diese Zähne aber auch rein konservierend mit einem plastischen Füllungsmaterial versorgt werden. Bei sehr großen Substanzdefekten muss manchmal zusätzlich ein Wurzelstift im Wurzelkanal verankert werden, um genügend Retention für das Aufbaumaterial unter der Krone zu schaffen.
Eine Großzahl der endodontischen Behandlungen wird durchgeführt, um Zahnschmerzen zu beseitigen, die in Folge einer Entzündung oder Infektion des Zahnnervs entstanden sind. Mit modernen Behandlungstechniken und einer lokalen Schmerzausschaltung ist es möglich, Patienten absolut beschwerdefrei zu behandeln.
Im Anschluss an die Behandlung kann der Zahn noch eine Weile etwas empfindlich sein, insbesondere wenn Schmerzen oder eine Infektion vor der Behandlung vorlagen. Dies kann bei Bedarf durch ein leichtes Schmerzmittel oder ein geeignetes homöopathisches Medikament kontrolliert werden.
Bedingt durch die komplizierten Kanalstrukturen und Wurzelkrümmungen beinhaltet eine Wurzelbehandlung einige Risiken. Die äußerst feinen, nur zehntel Millimeter starken, Instrumente welche zur Bearbeitung verwendet werden müssen können in ungünstigen Fällen frakturieren und eine weitergehende Therapie erschweren. Bei besonders ungünstigen anatomischen Voraussetzungen kann es zu einer unerwünschten Eröffnung des Kanalsystems zum Zahnäußeren, einer Perforation kommen.
Bei notwendigen Wiederholungen von Wurzelbehandlungen kann auch ein Bruch des Zahnes auftreten oder eine Therapie, durch die bereits anderweitig erfolgte Bearbeitung des Zahnes, erschwert bzw. unmöglich sein. Durch diese Komplikationen kann die teilweise oder vollständige Entfernung des Zahnes notwendig werden.
