Die Nachteile des Kofferdams sind ein unangenehmes Gefühl durch die Druckspannung der Metallklammern am Zahn und ein Risiko der Traumatisierung des Zahnfleisches durch sie. Solange der Kofferdam gelegt ist, kann der Patient außerdem zu keiner Zeit den Mund schließen. Des Weiteren muss eine uneingeschränkte Nasenatmung möglich sein.
Ein großer Vorteil der Kofferdamtechnik ist die absolute Trockenlegung auch unter dem Zahnfleischrand liegender Bereiche. Dies wird durch aufwendiges Anpassen der Kofferdamklammer an den individuellen Wurzelquerschnitt erreicht und ermöglicht durch Verdrängung des Zahnfleisches die Behandlung von Arealen, die sich ohne Kofferdam im nicht sichtbaren Bereich unterhalb des Zahnfleisches befinden. Dieses Vorgehen ist aber nicht immer möglich und hat ein hohes Traumatisierungspotenzial für das Zahnfleisch.
